Nazwa "lipówka" tradycyjnie oznacza miejsce, w którym rosły lipy. Podwrzesińska Lipówka znajdowała się po północnej stronie traktu na Poznań na gruntach wsi Wodniki. Droga z tego miejsca do miasta była dość daleka. Wiodła dzisiejszą ulicą Świętokrzyską, dalej mniej więcej dzisiejszą ulicą Kolejową do Wodnik, następnie Miłosławską, gdzie do 1868 roku znajdował się jedyny wówczas most na rzece Wrześnicy. W 1791 roku całą wieś Wodniki włączono do folwarku Zawodzie. W 1868 roku wybudowano krótszą drogę do miasta, dochodzącą do traktu gnieźnieńskiego (dzisiejsza ul. Daszyńskiego). W tym też czasie cały teren po prawej stronie rzeki Wrześnicy określano mianem Lipówki.
Najstarsza zachowana wzmianka źródłowa o kościele (czy raczej kaplicy) na Lipówce pochodzi z 1696 roku. Zapisana jest w generalnej wizytacji kanonicznej parafii archidiakonatu gnieźnieńskiego, przeprowadzonej przez archidiakona Stanisława Lipskiego. Wizytacja parafii wrzesińskiej odbyła się 23 grudnia 1696 roku. Wspomniana wizytacja podaje, że w miejscu zwanym "Lipówka" znajduje się drewniany kościół pod wezwaniem Świętego Krzyża, zbudowany przeszło pięćdziesiąt lat wcześniej. Oznacza to, że pierwsza kaplica na Lipówce powstała krótko przed 1646 rokiem i najprawdopodobniej została ufundowana przez prepozytorów (proboszczów) wrzesińskich.
Do 1966 roku kaplica na Lipówce posiadała wg prawa kanonicznego status kaplicy publicznej (dostępnej dla ogółu wiernych). W 1966 roku została podniesiona do rangi kościoła pomocniczego. 23 kwietnia 1975 roku tenże ośrodek duszpasterski przerodził się we właściwą parafię. Kościół pomocniczy p.w. Św. Krzyża uzyskał wówczas prawa parafialne przysługujące mu do dnia dzisiejszego, mimo wybudowania w latach 1982-1985 nowego, murowanego kościoła p.w. św. Józefa.
źródło: S. Mazurkiewicz: Kościół Świętego Krzyża na Lipówce we Wrześni